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目前已确定黄曲霉毒素结构的有AFB1、AFB2、AFM1等18种，它们的基本结构中都含有二呋喃环和氧杂萘邻酮（又名香豆素），前者为其毒性结构，后者可能与其致癌有关。目前发现的18种黄曲霉菌毒素中，AFB1毒性最强，AFM1、AFG1次之，AFB2、AFG2、AFM2毒性较弱。为避免黄曲霉毒素对人、畜的伤害，饲料被霉菌和霉菌毒素污染后，应设法将其破坏和去除。其方法为：
1. 剔除霉烂法。黄曲霉毒素污染的谷物分布很不均匀，大部分是在被损，虫蛀，变色的颗粒上，如果剔除这些，将减低其毒素水平。通过视觉和嗅觉观察饲料和谷物，判断污染与否，污染严重者将其剔除。反刍动物的青贮料饲喂时应仔细检查，发现有霉变，应剔除。
2. 辐射法。紫外线或γ-射线可有效地杀死霉菌和破坏黄曲霉毒素的化学结构，以达到去毒的目的。
3. 水洗法。黄曲霉毒素不溶于水并且对热稳定，黄曲霉毒素在玉米等农作物中分布很不均匀，在表皮胚部存在的黄曲霉毒素总量可达80%以上，水洗法就是利用玉米等胚部和乳胚部在水中比重差异，将碾粹后浮在水面上的胚部或表皮除去而达到去除大部分毒素的目的。
4.化学药物去毒法。一些化学制剂如次氯酸、次氯酸钠、过氧化氢、氨、氢氧化钠处理等对去除AF都有一定效果。
5. 生物脱毒法。该法筛选某些微生物，利用其生物转化作用，使霉菌毒素破坏或转变为低毒物质。已经报道的微生物有无根根酶、米根酶、黑曲霉、枯草杆菌等对去除黄曲霉毒素有较好的效果。
6. 添加维生素C。维生素C可阻断黄曲霉毒素B1的环氧化作用从而阻止其氧化为活性形式的毒性物质。在日粮中添加一定量的维生素C，再加上适当水平的氨基酸，是克服黄曲霉毒素中毒的有效方法
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