生物知识

土壤DNA提取试剂盒产品对比(Mpbio与MoBio)

作者:www.bilong.com 来源:网络 发布时间: 2013-01-22 18:03  浏览次数:
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土壤DNA提取试剂盒

 

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如果您第一次开始土壤微生物多样性研究,请用FastDNA® Spin Kit for Soil,几千篇文献的技术支持,绝不让您失望;如果您为样品珍贵且样品中基因组量而烦恼,请用FastDNA® Spin Kit for Soil,高效、高重复性是对您的信任的最佳回报;如果您是Epicentre试剂盒的使用者,请用FastDNA® Spin Kit for Soil,无论多脏、多复杂的土壤,都能完美应付;如果您是Mo Bio试剂盒的使用者,请用FastDNA® Spin Kit for Soil

 

Mpbio与Mo Bio土壤基因组DNA提取试剂盒产品比较

产品描述

FASTDNA®SPIN KIT FOR SOIL(品牌:Mpbio,Cat#:6560200,以下简写FastDNA®

UltraClean®Soil DNA Isolation Kit(品牌:Mo Bio,Cat#:12800,以下简写UltraClean®

 

 

Qustion 1

试剂盒的工作原理

Response 1两个试剂盒都是由两部分组成,一部分是样品处理阶段,重在细胞裂解效果;第二部分就是DNA纯化,重在纯化和回收效率。试剂盒内的组成成分目的和功能差不多相同,但在处理效果上会差异。

FastDNA®

Lysing Matrix E tube(含裂解基质裂解细胞)

Sodium Phosphate Buffer,MT Buffer(防核酸降解,溶解核酸和蛋白。确保DNA尽量免受RNA污染)

PPS Solution(蛋白沉淀溶液,去除蛋白污染)

Binding Matrix(DNA结合溶液,促进DNA与硅胶结合)

SPIN Modules,Catch Tubes基于硅石的Geneclean离心纯化柱,确保DNA的快速洗脱、高纯度)

Concentrated SEWS-M(溶解和清洗DNA)

DES(无DNase、热原质水,确保DNA无降解及无外来热原质污染)

BBS Gel Loading Dye(基因组DNA上样缓冲液)

UltraClean®

Bead Solution Tubes(含裂解基质裂解细胞)

Solution S1(含SDS,辅助分解膜上的脂肪酸和脂质)

IRS Solution(用于沉淀腐植酸和其他PCR抑制因子)

Solution S2(含蛋白沉淀试剂,去除蛋白污染)

Solution S3(DNA结合盐溶液)

Solution S4(清洗DNA,除盐、腐植酸或其他残留污物)

Solution S5(溶解DNA并促离心洗脱)

Spin Filter Units in 2 ml Tubes,2 ml Collection Tubes

(基于硅膜的离心纯化柱)

Qustion 2

可处理样本?

Response 2两个试剂盒的应用范围都很广,可用于各种土样或粪便中的基因组DNA提取。但FastDNA®相对更广,它已经成功应用于海底沉积物、废水、雪水等环境样品中基因组DNA的提取。

可见参考文献:

Snow sample —Takahiro Segawa et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 123 - 130.

Sediment —Tracy J. Mincer et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 7019 - 7028.

Qustion 3

细胞裂解方式及配合使用仪器?

Response 3:两个试剂盒裂解细胞的方式有所差异,这很大程度影响了基因组DNA提取量及片段的完整性。

FastDNA®

(1)裂解介质是含3种尺寸的颗粒:1.4 mm陶瓷,0.1 mm的硅颗粒,4 mm的玻璃珠混合物,可控的基质颗粒尺寸和数量,保证实验的可重复性;且不同尺寸保证样品的充分接触及受力;

(2)配合FastPrep instrument(Mpbio专有仪器)使用,“8字型”运动方式使得样品40 s内即可得到充分裂解;更换适配器,可同时处理1—96个样品。

(3)配合漩涡混匀器或震荡仪,借助于振动和涡旋式冲击的混合力裂解细胞,一般作用2~5 min可充分裂解;可同时处理多个样品。处理方式相对FastPrep仪器温和,DNA的完整性相对高些。

UltraClean®:

(1)裂解基质是单一玻璃珠;

(2)配合漩涡混匀器使用,借助于涡旋式冲击和振动裂解细胞,处理方式相对温和。更换特定的适配器,可同时处理1-96个样品。样品一般要处理10min左右,相对轻柔的作用力,可得到较大分子量的DNA,但裂解效果相对差于FastDNA®。

Qustion 4

DNA提取含量及完整性?

Response 4:FastDNA®提取的基因组DNA效率高于UltraClean®,一般同一样品浓度高3-5倍左右;

参考文献:fecal specimens —Merlin W Ariefdjohanet al. (2010).Nutrition Journal., Vol 9: 23

Sediment —Gordon Webster et al. (2003). Journal of Microbiological Methods 55:155-164.

         FastDNA®配合FastPrep仪器使用DNA的完整性会相对差于UltraClean®。前者的DNA片段为4-20kb,后者的DNA片段最高达50kb。若不与FastPrep仪器配合使用,DNA的完整性会明显得到提高,DNA提取率仍高于UltraClean®。

Qustion 5

是否适合高腐殖质样品的处理?

Response 5两个试剂盒都有针对高腐殖土样的特殊处理试剂,从而确保基因组DNA提取不受困扰。(因为腐殖质是土样中普遍存在的成分,也是干扰DNA和RNA提起的重要因素之一)。

FastDNA®针对高腐殖质的土样会提供一个特殊的protocol。只需多配制5.5M硫氰酸胍溶液即可保证DNA的高提取效率。

UltraClean®含有IRS Solution(Mobio技术)用来沉淀腐殖酸和一些PCR干扰因子。

Qustion 6:

DNA的纯化方式和纯度如何?

Response 6两个试剂盒的纯化机制比较类似,都是基于硅膜的离心纯化柱纯化方式,此纯化方式可以有效去除部分腐植酸、盐和一些残留污染物,得到的DNA都有较高的纯度。

Qustion7

样品起始量及整个工作时间?

Response 7

FastDNA®一般只需500mg的样品即可达到需要的DNA;

整个提取过程≤30 min

Response 7:

UltraClean®样品的起始量为0.25-1.0 gram;

整个提取过程30 min

  

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